Das Einkommen einer Organgesellschaft ist dem Organträger erstmals für das Kalenderjahr zuzurechnen, in dem das Wirtschaftsjahr der Organgesellschaft endet, in dem der Gewinnabführungsvertrag wirksam wird. Dieser wird erst mit Eintragung im Handelsregister der Organgesellschaft wirksam.
Der Bundesfinanzhof hat entschieden, dass eine körperschaftsteuerliche Organschaft nicht wegen sachlicher Unbilligkeit anzuerkennen ist, weil der Gewinnabführungsvertrag trotz rechtzeitiger Anmeldung erst im Folgejahr im Handelsregister eingetragen wurde. Der Gesetzgeber habe im Rahmen seiner Typisierungsbefugnis den Eintritt der Wirkungen einer Organschaft von einem Ereignis (Eintragung im Handelsregister), auf das die beteiligten Unternehmen keinen Einfluss haben, abhängig machen dürfen. Damit stelle auch die verzögerte Eintragung – auch sofern diese auf einem behördlichen Fehlverhalten des Registergerichts beruhe – keine sachliche Unbilligkeit dar.